El poder de decisión recae en el Consejo de la OCDE compuesto por un representante de cada país miembro y un representante de la Comisión Europea. El Consejo se reúne regularmente a nivel de representantes permanentes ante la OCDE y una vez al año a nivel ministerial para debatir cuestiones clave y establecer prioridades de trabajo de la OCDE. Las decisiones se toman, en su mayoría, por consenso. El Consejo es presidido por el Secretario General.
Los temas de las distintas áreas que cubre la OCDE se estudian en los comités donde los representantes de los 38 países miembros y países con estatuto de observadores se reúnen en comisiones especializadas para promover ideas y examinar los progresos en ámbitos específicos, como la economía, el comercio, la ciencia, el empleo, la educación o los mercados financieros.
Hay alrededor de 300 comités, grupos de trabajo y grupos de expertos. Unos 40.000 altos funcionarios de las administraciones nacionales asisten a las reuniones de los comités de la OCDE cada año para solicitar, revisar y contribuir a la labor realizada por la Secretaría de la OCDE.
El trabajo encomendado por el Consejo se lleva a cabo por la Secretaría de la OCDE encabezada por Mathias Cormann, Secretario General.
La OCDE se compone de alrededor de 3.300 personas que apoyan las actividades de los comités, y llevan a cabo el trabajo en respuesta a las prioridades decididas por el Consejo de la OCDE. El personal incluye a economistas, abogados, científicos y otros profesionales. OCDE cuenta con su sede central en París, pero también tiene una red de centros extendida por el mundo presente en Berlín, México, Tokio y Washington. Los idiomas oficiales de la organización son inglés y francés.